Formålet med behandlingen er at undgå, eller minimere, skaderne på luftveje, bihuler og mellemører, forårsaget af kronisk infektion. Fysioterapi og medicin, som sigter på at øge opbringelsen af sekret fra luftvejene og aggressiv brug af antibiotika er de mest almindelige former for behandling.
Fysisk aktivitet er af væsentlig betydning for rensning af luftvejene.
Mellemører: Det kan være nødvendigt at anvende et høreapparat i perioder med forkølelse. Høretabet forværres ikke med årene og fører ikke til døvhed.
Det tilrådes ikke at anvende punktur af trommehinden og indlæggelse af dræn, idet dette ofte medfører langvarig flyden fra øret, og sekretet gendannes altid.
Næse-bihuler: Man skal undlade gentagne punkturer og drænindlæggelse i bihulerne. Flere patienter har været mere generet af behandlingen end af sygdommen. Efter puberteten kan man overveje en operation af kæbehulerne. Hos nogle patienter kan der fjernes polypper i næsen.
Luftveje: Man skal følges med regelmæssige kontroller, eksempelvis hver 3. til 6. måned. Der sendes hyppigt opspyt (ekspektorat) til undersøgelse for bakterier, og der gives antibiotikakure ved forekomst af bakterier og ved grønt opspyt.
En fysioterapeut instruerer i hosteteknik, daglig brug af en PEP-fløjte og i svære tilfælde eventuelt hjemme-CPAP.
Nogle patienter kan have gavn af astmamedicin i form af luftvejsudvidende
medicin. Der er som regel ingen effekt af binyrebarkhormon (steroid) til
inhalation og såkaldt slimløsende medicin er uden virkning.