Atypiske mykobaktierier minder om tuberkulosebakterier og kan give for eksempel fugletuberkulose. De findes i jord, vand og dyr, hvor de kan sprede sig fra. Atypiske mykobakterier smitter ikke mellem mennesker.
Sygdommen angriber oftest svækkede lunger, hvor der i forvejen er forandringer. Det kan være KOL, udvidede luftrør, bronkiektasier, sarkoidose eller tidligere lungetuberkulose.
Sygdommen kan også være i huden som kroniske sår eller i kirtlerne på halsen.