Alle behandlinger kan medføre bivirkninger. Der kan opstå forskellige bivirkninger ved behandling med Cyklofosfamid. Bivirkningerne afhænger af dosis.
I umiddelbar forbindelse med behandlingen kan der komme kvalme, mavesmerter, opkastninger, appetitløshed og diarré.
Der kan i meget sjældne tilfælde optræde blod i urinen. Dette er udtryk for beskadigelse af urinblærens slimhinde. Denne bivirkning kan forebygges ved rigelig væskeindtagelse. I meget sjældne tilfælde kan det være nødvendigt at give medicin, som beskytter blæreslimhinden.
Andre bivirkninger er sjældne og omfatter påvirkning af knoglemarvens celler med:
- Nedsat antal af hvide blodlegemer, som giver øget tendens til infektioner.
- Nedsat antal af blodplader, hvilket giver tendens til blødninger (eksempelvis næseblod, blodudtrædninger i huden og blå mærker).
- Nedsat antal af røde blodlegemer, som viser sig ved blodmangel.
- Øget risiko for infektioner.
- Hårtab kan ses efter første behandling, men håret vokser hurtigt ud.
- Sår i munden, uregelmæssig menstruation og nedsat fertilitet kan ses.