Cellcept anvendes ved forskellige sygdomme, hvor man ønsker at hæmme kroppens immunsystem. Ved Lungesygdomme er det især patienter med lungefibrose og andre bindevævssygdomme, samt patienter, der har gennemgået lungetransplantation, der behandles med stoffet.
Cellcept gives oftest sammen med binyrebarkhormon (Prednisolon) og tillader nogle gange, at der kan gives lavere prednisolondosis.
Effekten indtræder i løbet af dage til uger og behandlingen gives oftest i måneder til flere år.